生态保护与污染控制实验室于2014年批准成为衢州市重点实验室，本着“服务地方，凸显特色”的原则，旨在开展特定行业废水处理、地区生态环境保护等特色研究，真正实现学校人才培养与地方实际需求的有效对接，提升学校为地方培养特色人才的能力，从而服务区域社会经济，为营造区域可持续发展提供必要的科技支撑。
实验室分生态保护实验室、水污染控制实验室和大气污染控制实验室三个分支实验室。在现有270万资产的基础上，今后几年计划再投入430万元进行建设，其中生态保护实验室197万元，水污染控制实验室计划投入165万元；大气污染控制实验室计划投入68万元。
学术梯队总共20人，其中教授7人，占学术队伍人数的35%；副教授以上14人, 占学术队伍人数的70%；博士7人，占学术队伍人数的35%；硕士以上17人，占学术队伍人数的85%。
近年来，本实验室成员在难降解有机废水处理技术及应用、污泥资源化处理处置、特性微生物培养等研究领域先后承担和参加科研项目40余项，其中国家自然科学基金2项、浙江省自然科学基金2项，市厅级项目20多项，横向课题10余项；在国家二级以上学术刊物发表论文90多篇，其中被SCI、EI收录论文27篇。获浙江省高校优秀科研成果三等奖3项，衢州市科技进步奖3项，衢州市自然科学优秀论文一等奖6项。有力地促进了衢州市着力打造的“生态衢州”的建设。 
